Gundam Unicorn przenosi nas do U.C.0096. Mimo upływu niemal stulecia od ogłoszenia nowej ery w historii rodzaju ludzkiego, niestety niemal nic się nie zmieniło. Orbita okołoziemska opanowana jest przez ciągłe walki, natomiast w przestrzeni budowane są nowe kolonie. Na pokładzie jednej z ciągle rozbudowywanych kolonii, Industrial 7, młody uczeń technikum imieniem Banagher prowadzony przeczuciem ratuje życie pięknej Audrey. W nieoczekiwanym splocie wydarzeń oboje dostają się w sam środek walk pomiędzy dwoma konkurującymi ze sobą frakcjami. Chcąc uratować Audrey, bohater odnajduje swojego ojca w kokpicie maszyny, która ma zmienić los ludzkości. Umierając, Cardeas przekazuje swojemu synowi MS UNICORN oraz ogromne nadzieje związane z tą maszyną oraz swoim jedynym potomkiem.
