Superata Lavandonia, Rosso sconfigge Erika, Koga e affronta Giovanni. Il suo Pokémon si evolve in Charizard prima di raggiungere Zafferanopoli. Qui scopre cosa sta succedendo nella sede dalla Silph SpA: il Team Rocket ha occupato l'edificio e tiene sotto ostaggio Pokémon e scienziati nel tentativo di sviluppare la Master Ball. Rosso irrompe nell'edificio, libera gli occupanti ma non riesce ad assicurare Giovanni alla giustizia. Sempre a Zafferanopoli, l'allenatore sconfigge la capopalestra Sabrina e in seguito, con il Lapras ottenuto da uno degli scienziati della Silph, si reca sull'Isola Cannella dove visita la Villa Pokémon e riceve da Blaine la Medaglia Vulcano. A Smeraldopoli Rosso incontra nuovamente Blu che ha già conquistato la Medaglia Terra del capopalestra più forte della regione. L'allenatore riesce ad accedere nella palestra dove scopre che il capopalestra di tipo Terra è Giovanni. Nonostante riesca a sconfiggere il Rhyhorn avversario, Rosso si ritrova in svantaggio, con il solo Charizard, nell'incontro con l'ultimo Pokémon di Giovanni, Rhydon. Infine Charizard manda al tappeto il Pokémon del capopalestra, ma Rosso rifiuta di accettare una medaglia dal leader del Team Rocket. Giovanni scioglie quindi l'organizzazione per consegnare a Rosso il lasciapassare per la Lega Pokémon di Kanto.
